总公司在北京，分公司在呼和浩特，工资由总公司发，在呼和浩特缴纳社保合法吗？这个不能简单地用合法还是不合法来衡量，也不能用工资由哪里发来决定，目前我国的社会保险是按照属地化的方式进行缴纳和管理。
首先看一下我们公司的情况，我们公司总部的注册地是在重庆的永川区，开始员工的养老保险全部是在永川社保局缴纳，后来公司将办公地迁到了重庆的主城区，但由于注册地没有变，即使是重庆主城区的员工，同样也需要在永川缴纳，我们办理退休时也是在永川区办理的，好在重庆市的养老保险和医疗保险，都是实行的市级统筹，不管在哪个区县缴纳，在哪个区县办理退休，待遇其实都是一样的。
但我们公司也还有很多在外地的公司，有的在内蒙古，有的在宁夏，有的在新疆，这些公司的大老板虽然都是我们公司总部，但在当地都是属于独立法人子公司。这些公司的公司级领导的工资奖金是由总部计发，过去养老保险和医疗保险关系也是在重庆，而且在重庆还有特殊工种工作年限。但是对于公司级领导以下的管理人员和职工，全部是在当地缴纳，按照当地的政策办理社保费用的缴纳和在当地办理退休。
在同一个大公司的范围，社保在哪里缴纳，主要要考虑两个因素。第一个因素是公司的注册地。虽然你们公司总部在北京，如果在呼和浩特的公司属于全资的子公司，那就必须要在呼和浩特的工商部门注册登记；如果是属于独立运营的分公司，也需要在呼和浩特的工商部门登记，从这个意义上来说，公司需要在呼和浩特市缴纳社保；第二个因素是员工的劳动关系。如果员工的劳动合同和是和北京总公司签订的，社保就要在北京缴纳；如果劳动合同是和呼和浩特公司签订的，社保就只能呼和浩特市缴纳。
当然对于社保在哪里缴纳其实也有比较灵活的一面，比如北京派到呼和浩特公司的工作的员工，可能他的劳动关系就会保留在北京总部，那么他的社保就要在北京缴纳，如果属于呼和浩特本地的员工，劳动关系在呼和浩特公司，在当地缴纳就更为方便。养老保险异地缴纳，异地办理退休这个关系不大，但是医疗保险麻烦就比较大了。如果在北京缴纳，在呼和浩特生病住院，还要办理异地就医备案，社保卡还不能在呼和浩特刷卡买药，这是非常麻烦的事情。
综上所述，虽然你们公司总部在北京，分公司在呼和浩特市，工资由总公司发放，社保在呼和浩特市缴纳，这是符合社保的属地化缴纳原则的，只要公司注册地在呼和浩特市，员工的劳动关系在呼和浩特市，在呼和浩特缴纳社保这是完全合法的，即使劳动关系在北京，经过公司申请社保部门同意，在呼和浩特市缴纳也是合法的。